Stjórnir Lífeyrissjóðs Austurlands og Lífeyrissjóðs Norðurlands skrifuðu undir samrunasamning um sameiningu þessara sjóða þann 15. nóvember 2006. Viðræður um sameiningu sjóðanna höfðu þá staðið með hléum í u.þ.b. eitt ár. Á aukaársfundi Lífeyrissjóðs Norðurlands þann 15. desember 2006 voru réttindaákvæði í samþykktum sjóðsins samræmd við réttindaákvæði í samþykktum Lífeyrissjóðs Austurlands. Sameining sjóðanna var samþykkt á ársfundum þeirra, sem haldnir voru í Mývatnssveit þann 9. mars 2007. Þar var ákveðið að hinn sameinaði sjóður skyldi heita Stapi lífeyrissjóður. Fjármálaráðuneytið staðfesti samþykktir hins sameinaða sjóðs þann 18. júní 2007.
Lífeyrissjóður Austurlands var stofnaður í samræmi við ákvæði kjarasamninga árið 1969 og hóf starfsemi ári síðar. Skrifstofa sjóðsins var frá byrjun í Neskaupstað en starfssvæði sjóðsins náði yfir alla Austfirði.
Lífeyrissjóður Norðurlands tók til starfa 1. janúar 1993 og varð til með sameiningu sex lífeyrissjóða á Norðurlandi. Formlegur stofnfundur sjóðsins var haldinn á Blönduósi 1. desember 1992. Lífeyrissjóðirnir sem sameinuðust í Lífeyrissjóð Norðurlands voru:
Auk ofantalinna lífeyrissjóða sameinaðist Blönduósdeild Lífeyrissjóðs verkalýðsfélaga á Norðurlandi vestra sjóðnum, en sá sjóður tók að öðru leyti ekki þátt í sameiningunni. Þann 1. janúar 2001 sameinuðust síðan Lífeyrissjóður verkalýðsfélaga á Norðurlandi vestra, Lífeyrissjóður KEA og Lífeyrissjóður Norðurlands.
Sjóðurinn starfar skv. starfsleyfi sem fjármálaráðherra veitti Stapa lífeyrissjóði samkvæmt 52. grein laga nr. 129/1997. Jafnframt hefur fjármálaráðherra veitt sjóðnum heimild til að taka við viðbótarlífeyrissparnaði í samræmi við ákvæði I og II kafla sömu laga. Stapi lífeyrissjóður varð til á grunni Lífeyrissjóðs Norðurlands með sameiningu við Lífeyrissjóð Austurlands og hefur sömu kennitölu og lífeyrissjóðsnúmer og Lífeyrissjóður Norðurlands hafði.
Aðildarfélög sjóðsins geta verið stéttarfélög, starfsmannafélög og samtök launagreiðenda. Aðildarfélaganna er getið í samþykktum sjóðsins.